Después de la victoria en la batalla de Tacna, el 26 de mayo de 1880, el mando chileno tomó la decisión de capturar la plaza fortificada de Arica, con la finalidad de asegurar la línea de abastecimiento para la campaña de Lima, y para no dejar a sus espaldas una posición tan riesgosa, una vez que se iniciara el avance.
A su turno, el coronel Francisco Bolognesi, Comandante de la Plaza de Arica, consideró que la retirada de las fuerzas aliadas del Campo de la Alianza, obedecía a la intención del mando peruano de ocupar una posición más fuerte, para librar allí la batalla decisiva, por lo que resolvió defender la Plaza hasta el último cartucho.
El dia 1 de Junio el Comandante Rafael Vargas comandando las fuerzas de caballeria partieron rumbo al puerto de Arica, y al llegar al rio lluta son atacados sorpresivamente. Una vez reorganizados, se lanzan en persecucion de los atacantes capturando a dos individuos, el ingeniero Teodoro Elmore y su ayudante, quienes portaban planos en los cuales se indicaban las posiciones donde se encontraban ubicadas las minas que llenaban la cuidad.
El 4 de Junio, las fuerzas de Lagos comenzaron a coronar el plan chileno, enviando a la Artilleria de Campaña al N.E. de la ciudad.
Convencido de la futura victoria, el jefe chileno decide enviar al Coronel José de la Cruz Salvo como parlamentario ante Bolognesi, pidiendole rendicion, para evitar asi un innecesario derramamiento de sangre. El siguiente es el dialogo que hubo segun Vicuña Mackenna en su libro La Campaña de Tacna y Arica:
Bolognesi: Le oigo a Usted señor.
Salvo: Señor, el General en jefe del Ejercito de Chile, deseoso de evitar un derramamiento inutil de sangre, despues de haber vencido en Tacna al grueso del Ejercito aliado, me envia a pedir, la rendicion de esta plaza, cuyos recursos en hombres, viveres y municiones conocemos.
Bolognesi: Tengo deberes sagrados y los cumplire quemando el ultimo cartucho.
Salvo: Entonces esta cumplida mi mision.
Bolognesi: Lo que he dicho a usted es mi opinion personal; pero debo consultar a los jefes, y a las dos de la tarde mandare mi respuesta la Cuartel General chileno.
Salvo: No señor Comandante General, esta demora esta prevista, porque en la situacion que previamente nos hallamos una hora puede re decidir de la suerte de plaza. Me retiro.
Bolognesi: Dignese usted a aguardar un instante, voy a hacer la consulta aqui mismo y en presencia de usted.
Fue unanime el apoyo a la decision de Bolognesi. Todos decidieron pelear hasta quemar el ultimo cartucho.
De vuelta al Cuartel chileno, el Coronel Salvo da cuenta del resultado de su mision. La suerte esta sellada para la guarnicion ariqueña.
El coronel Bolognesi disponía de 1.819 hombres y la tripulación del blindado Manco Capac, pero dominaba una posición virtualmente infranqueable. El Morro es accesible sólo por el norte, y esa entrada estaba defendida por baterías de artillería dotadas de cañones de 250 libras, las que ocupaban las posiciones denominadas Santa Rosa, San José y Dos de Mayo. En el plano, inmediatamente bajo el Morro y en dirección sur y sudeste, se ubicaban los fuertes Cerro Gordo, Este y Ciudadela, cuyas baterías hacían un total de 17 cañones, con amplio campo de tiro. Entre las baterías del norte y los fuertes del sur, se extendía una trinchera de tres kilómetros, en una línea oblicua de dirección este y sur. Todas estas posiciones estaban circundadas y protegidas por campos de minas. La disposición de la defensa se completaba con las baterías del blindado Manco Capac, surto en la bahía de Arica, cuya presencia neutralizaba el apoyo que pudieran prestar las unidades de la Armada chilena.
Tras rechazar el coronel Bolognesi una intimación de rendición, el mando chileno ordenó el bombardeo del Morro y los fuertes adyacentes, encargado a los navíos Cochrane, Magallanes, Covadonga y Loa, de la Armada de Chile, el que se prolongó durante los días 5 y 6 de junio, y que fue relativamente infructuoso, en virtud de la razón señalada.
Los primeros disparos se cruzaron alrededor de las seis de la madrugada del día 7 de junio, y tras un ataque avasallador, que causó elevado número de bajas en ambos bandos, los fuertes Este y Ciudadela cayeron en poder de las fuerzas atacantes, los regimientos 4º y 3º de Línea, respectivamente, cuyos efectivos combatieron con singular bravura. La captura de estas posiciones tomó menos de una hora.